Wget下载所有以fastq.gz结尾的文件
宏基因组分析实战教程- 哔哩哔哩专栏
此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放到filename.txt 中，然后wget 就会自动为你下载所有文件了。 tar -zxf httpd-2.2.17.tar.gz ## 解压httpd 压缩包 在语句结尾添加，表示后台运行 echo "time flye --nano-raw SRX5299446.sra.fastq -o flye -t 24 -g 5m >flye.log 2>flye.err" >flye.sh 归档文件没有经过压缩，因此，它占用的空间是其中所有文件和目录的 *.bz2, tar 打包，gzip 程序压缩的文件;用bzip2 -d或者用bunzip2 解压 Z rar a jpg.rar *.jpg //rar格式的压缩，需要先下载rar for linux zip 范例一：将/etc/man.config 复制到/tmp ，并且以gzip 压缩 fsa_nt.gz Nucleotide FASTA files wgs. 转录组是指细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和。 在获得原始测序数据（FASTQ文件格式）后，该如何就FASTQ测序文件进行后续 fastqc -o FASTQC/ -t 8 Ctrl-1_combined_R1.fastq.gz Ctrl-1_combined_R2.fastq.gz 进行差异比较分析。 Subread安装（直接找到官网下载解压即可）: $ wget 2. GCE 下载和安装. $ wget ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/gce/gce-1.0.0.tar.gz $ tar zxf gce-1.0.0.tar.gz -C /opt/biosoft *.fastq.gz 表示所有以fastq.gz结尾的文件. 信息和元数据(metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本 警告：不要用wget或curl去下载sra文件，这会导致下载的文件不完整！ 复制下fastq.gz文件的地址，或者可以去ENA的ftp地址 ftp.sra.ebi.ac.uk 搜索， 查询表达式必须以from子句开头,并且必须以select或group子句结尾在第一 在百度云共享目录中，有每一步的运行结果，读者可以下载查看分析结果，并可基于此结果进一步分析。 ls /usr/bin/*.sh # 查看所有以.sh结尾的文件ls /usr/bin/*. ucdavis.edu/metagenomics-scripps-2016-10-12/SRR1976948_1.fastq.gz curl -O
02.12.2021
文章目录一、测试环境及工具二、Aspera 下载三、安装及配置1. 解压2. 安装3. 配置许可4. 配置程序环境变量5. 配置秘钥四、测试 最近在学习Linux和perl，所以有些‘专业名词’没说准，抱歉抱歉（对自己也是一个警醒） 今天就碰到这样一个问题 有一个目录，里面是双端测序的结果，所以同一个fastq文件分为*.R1 和 *.R2，但查看reads时只要 … 首先要感谢特别特别好说话的师姐和同门的帮助和交流，主要用到的工具是linux和NCBI 然后在整个过程中也借鉴了jimmy大神的简书贴子，链接：原创10000+生信教程大神给 csdn已为您找到关于宏基因组测序流程相关内容，包含宏基因组测序流程相关文档代码介绍、相关教程视频课程，以及相关宏基因组测序流程问答内容。为您解决当下相关问题，如果想了解更详细宏基因组测序流程内容，请点击详情链接进行了解，或者注册账号与客服人员联系给您提供相关内容的 1. Linux严格区分大小写Linux是严格区分大小写的，这一点和Windows不一样，所以操作时要注意区分大小写的不同，包括文件名和目录名、命令、命令选项、配置文件设置选项等。注意：Linux中命令全是小写，但命令选项有大写的。2. Linux一切皆文件Linux中所有内容都是以文件的形式保存和管理的，硬件 版权声明：本文为博主原创文章，遵循 cc 4.0 by-sa 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。 Hace 1 día
科学网—NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估- 刘永鑫的博文
下面我们以实例的形式说明怎么使用wget。 1、使用wget下载单个文件. 以下的例子是从网络下载一个文件并保存在当前目录. wget http://cn 下载fastqc下载地址2.unzip解压fastqc的zip压缩文件。 把所有的fastq.gz文件用fastqc软件处理得到的测序质量检测报告是一个html wget -i filename.txt 此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放 以.fq.gz结尾的文件，就可以使用通配符ls -1 *.fq.gz #删除当前目录下所有以.log结尾的文件rm -rf *.log 管道符“.
阿里云
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Aspera Connect的下载速度是最快的，相对于sratoolkit的套件下载和wget或者curl下载；并且Aspera的下载可以下载fastq文件和SRA文件，免去了SRA转至FASTQ的过程，该过程很耗时，特别耗时！ References. SRA数据加速下载打包解决. 使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据. 第1节.
但是学生们不一样，同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢，即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的限速。所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。 Aspera Connect的下载速度是最快的，相对于sratoolkit的套件下载和wget或者curl下载；并且Aspera的下载可以下载fastq文件和SRA文件，免去了SRA转至FASTQ的过程，该过程很耗时，特别耗时！ References. SRA数据加速下载打包解决. 使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据. 第1节.
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